达赖三世索南嘉措(1543-1588年),藏历第九饶迥水兔年正月十五日,出生在拉萨附近的堆索南嘉措垅地区,于虚岁4岁时(1546年)入哲蚌寺供养; 22岁时(1564年)又拜格勒巴桑为师,受了比丘戒。三世达赖对于格鲁派有特别的贡献。16世纪,蒙古土默特部的俺答汗(阿拉坦汗)率部进入青海湖附近时,派人进藏延请索南嘉措来青海会面。1578年二人相会于青海湖畔仰华寺。索南嘉措劝请俺答汗皈依佛法,获得支持,同时二人互赠尊号。索南嘉措赠俺答汗“咱克喇瓦尔第彻辰汗”,俺答汗赠索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”的称号。从此,索南嘉措这一转世系统有了“达赖喇嘛”的称号。他又将前二世转世追认为第一世、第二世达赖喇嘛,因此,从索南嘉措开始遂形成了格鲁派达赖喇嘛转世的系统。