达赖三世索南嘉措(1543-1588年)，藏历第九饶迥水兔年正月十五日，出生在拉萨附近的堆索南嘉措垅地区，于虚岁4岁时（1546年）入哲蚌寺供养； 22岁时(1564年)又拜格勒巴桑为师，受了比丘戒。三世达赖对于格鲁派有特别的贡献。16世纪，蒙古土默特部的俺答汗（阿拉坦汗）率部进入青海湖附近时，派人进藏延请索南嘉措来青海会面。1578年二人相会于青海湖畔仰华寺。索南嘉措劝请俺答汗皈依佛法，获得支持，同时二人互赠尊号。索南嘉措赠俺答汗“咱克喇瓦尔第彻辰汗”，俺答汗赠索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”的称号。从此，索南嘉措这一转世系统有了“达赖喇嘛”的称号。他又将前二世转世追认为第一世、第二世达赖喇嘛，因此，从索南嘉措开始遂形成了格鲁派达赖喇嘛转世的系统。

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