1740年，经过札什伦布寺喇嘛寻访考察，在拉萨请护法神降神，七世达赖派代表，会同噶厦政府官员，共同确认罗桑华丹益希是前世班禅转世灵童。七世达赖使正式通知札什伦布寺，并通知驻藏大臣纪山，请他转奏清高宗皇帝，不久使得到乾隆皇帝的恩准。七世达赖给六世班禅取法名罗桑华丹益希。金鸡年（1741年）六月四日，将灵童迎到札什伦布寺日光殿举行坐床典礼，乾隆帝特派专位与七世达赖的代表一起由颇罗鼐陪同到札什伦布寺祝贺坐床典礼。土蛇年(1749年）九月，六世班禅到拉萨拜会七世达赖。七世达赖说：“前世班禅是我的上师，给我传授了许多经典教授。现在要把我学到的经典传授给你”。七世达赖给他授了沙弥戒，从此便建立了师徒关系。六世班禅住在布达拉宫，每天由七世达赖给他传授经论。

火牛年（1757年）二月，七世达赖在拉萨圆寂，六世班禅对七世达赖的逝世，感到十分悲痛，下令札什伦布寺全体僧众哀悼三天，诵经祈祷达赖喇嘛早日转世。当乾隆帝接到七世达赖圆寂的奏报后，担心西藏局势不稳，即派国师章嘉·若白多杰入藏办理七世达赖的后事，并主持认定转世灵童。是年六月，由经师罗桑群佩在札什伦布寺为六世班禅授比丘戒。

1774年，英国东印公司与不丹发生战争，不丹国王请六世班禅写信调解。英国驻印总督哈斯汀士遂利用这一机会，派遣东印公司职员英国人波格尔擅自闯到札什伦布寺见六世班禅。六世班禅用印度语与他交谈，强调不丹是中国藩属，而西藏属中国领土，一切要听从中国大皇帝的圣旨办事。对波格尔提出的英国与西藏建立联系、英方与西藏自由通商、请介绍到拉萨见驻藏大臣并在拉萨设立代表等要求，一律加以拒绝，使波格尔的计划未能得逞。

火鸡年（1777年）四月，六世班禅应邀在拉萨大昭寺为八世达赖授比丘戒。在布达拉宫居住一年，给达赖传经。

金鼠年（1780年，乾隆四十五年）十一月二日下午，六世班禅在北京黄寺因患天花治疗无效而圆寂，享年42岁。班禅遗体在黄寺停放了6天，供各界人士和佛教徒瞻仰。然后用防腐药水浸洗，移置到由高宗御赐的用7000两黄金制造的天降金塔里。次年二月，六世班禅的灵塔运往西藏札什伦布寺，札什伦布寺僧众造了一座大银塔，将御赐金塔供奉在内。高宗为了纪念六世班禅，特命在他生前住过的黄寺西侧，建立了一座宏伟的"清净化城塔"，俗称西黄寺。寺内有清高宗御制的用汉、满、蒙、藏四种文字书写的碑文。

六世班禅的著作有《持乐国愿望》、《自传》上下册、《道情歌集汇编》、《菩提道次第面授法·利他甘露瓶》、《显密集要点问答汇编》、《十六罗汉绕佛记》、《喇巴强巴传》、《圣·洛桑巴传奇·不可思议》、书札、仪轨、修行等方面的典籍共98种之多。