元至正十七年农历十月二十五日，宗喀巴大师降生于安多宗喀(今青海湟中县鲁沙尔镇)。出生不久，在附近曲噶尔静房静修的藏传佛教噶当派大师曲结顿珠仁钦亲往祝贺，善结法缘。不久，宗喀巴往夏琼寺出家，拜曲结顿珠仁钦为师，习读藏文佛语。6岁时，曲结顿珠仁钦为他做密法灌顶，赐密号敦悦多杰。宗喀巴7岁时，于曲结顿珠仁钦座前正式削发出家，并受沙弥戒，取法名罗桑扎巴。自此，宗喀巴在夏琼寺师从曲结顿珠仁钦，受学显密诸法和藏族传统文化长达12年，为他以后事业上的成功奠定了佛学和文化基础。明洪武五年(1372年)，宗喀巴17岁时奉师命往卫藏深造。他在西藏广参名师、深研经籍，博采各派之长，并择地苦修实践，终于博通显密，成为一代宗师，后创立格鲁派。因此，藏传佛教界公认夏琼寺是格鲁派之源，曲结·顿珠仁钦因是宗喀巴大师的老师而盛名遐迩，“曲结”意为法王，是对他的尊称。

曲结·顿珠仁钦是第六世却藏活佛，元至大二年(1309年)生于今青海省黄南州同仁县年都乎乡的夏卜浪村，早年学经于西藏聂塘、那塘，后游学夏鲁寺曾入辩场，立宗辩经，雄辩群僧，无有对手，被布顿大师誉为“安多雄辩论师”，颇有声誉。在《历辈祈祷颂》中称他获得殊胜二次第瑜伽，成为与能依所依坛城之主尊金刚持无别，在雪域一切智者首顶上奕奕然，于精、德、善和讲、辩、着以及见、修、行教证功德等方面无与伦比，现顿珠仁钦尊者相，广弘佛法，尤其奠定了未来格鲁派的基础。元至正元年，曲结·顿珠仁钦先在故乡建成夏卜浪寺，继建尖扎昂拉赛康寺。至正九年，曲结·顿珠仁钦经实地勘察倡建了夏琼寺，自然成为该寺寺主。

夏琼寺历史悠久，不仅缔造了像宗喀巴大师这样举世闻名的一代宗师，成为格鲁派之源，而且一直保持了严守戒律、崇尚讲学经论的良好传统，历史上曾出过不少精通显密、很有佛学造诣的高僧，有的任职甘丹赤巴和达赖喇嘛的经师，如曾任七世达赖喇嘛和章嘉国师若贝多杰经师的甘丹赤巴阿旺却丹、曾为八世达赖喇嘛经师的甘丹赤巴阿旺曲扎、曾为第九世和第十世达赖喇嘛经师的阿旺年智。由于夏琼寺在藏传佛教界具有的地位，历来受到蒙藏地区政教上层和中央王朝的重视和扶持，如五世达赖喇嘛及其第巴桑结嘉措、和硕特首领达赖洪台吉等都为该寺捐赠过财物。清乾隆五十三年，应土观呼图克图·罗桑却吉尼玛之请，乾隆皇帝敕赐汉、藏、蒙、满4种文字合璧的“法净寺”匾额。在清代，由地方官府负责供应夏琼寺喇嘛的衣单口粮，这是当时寺院地位的象征。